Para establecer Su filosofía del amor, Śrī Caitanya hace uso de Śrīmad-Bhāgavatam, la escritura más elevada que explica la esencia de todos los Vedas, siendo un comentario natural del Vedānta-Sūtra.

Śrīmad-Bhāgavatam establece a Kṛṣṇa como Dios de todos los dioses, la causa primordial de todo. Entre los seres vivientes, Él es el único y más idóneo recipiente de amor porque Él solamente desea nuestro bien, nos quita aflicciones, tiene todas las cualidades maravillosas y es El Alma Suprema de todos. Una vez que se consigue amor por Él uno obtiene felicidad y conocimiento absolutos y desaparece definitivamente todo sufrimiento. Este amor por Dios es la meta suprema de la vida humana (prayojana).

Śrīmad-Bhāgavatam también muestra personas ideales que tienen este amor por Él. Son las pastorcillas de Vraja, y ellas lo expresan a través de la devoción suprema (uttamā bhakti). Esta devoción es el fin y el medio a la vez. En el estado perfecto la tenemos naturalmente mientras que en el estado de practicantes tenemos que practicarla bajo el guía de una persona realizada, uniéndonos con él de corazón (ekatā) y aprendiendo de él cómo dirigir todas nuestras intenciones, actividades y pensamientos para dar placer a Kṛṣṇa (ānukūlya).

Él nos enseña como quitarnos de encima nuestros deseos egoístas y nos prepara para ser dignos receptáculos del amor divino, conectándonos directamente con divinidad. Así que devoción sin motivos ocultos es el medio (abhidheya) para conseguir amor por Dios.

Acintya-bhedābheda: Varios sistemas filosóficos tratan de explicar cuál es la relación (sambandha) entre las almas individuales y la Realidad Suprema, y lo hacen de diferentes maneras. Los Vedas declaran a veces que Brahman y jīvas son diferentes, y a veces que no. La filosofía de Śrī Caitanya es una magnífica contribución al mundo de filosofía vedāntica porque reconcilia estas declaraciones y establece las conclusiones sin error.

Las almas son cualitativamente como el Señor, siendo ambos entidades espirituales puras, y a la vez son diferentes porque las jīvas son atómicas y pueden ser influidas por la energía externa mientras que el Señor no es limitado ni influenciado por nada. Al Señor se le compara con Sol y las almas con sus rayos: los rayos son iguales al Sol porque vienen de él y a la vez son diferentes porque no son tan intensos y se perciben como separados del Sol.

La mente humana no puede entender como algo puede ser a la vez igual y diferente, pero esto sí que es posible debido al carácter acintya (inconcebible) de las potencias del Señor.